Самые популярные форматы электронных книг:

1. FB2 (FictionBook) - формат (стандарт), разработанный Дмитрием Грибовым и группой энтузиастов. Отлично подходит для создания структурированных книг, занимает небольшой объем, отлично архивируется, хорошо конвертируется в другие форматы. Представляет собой XML-файл, структурно похожий на письмо электронной почты.
Главный недостаток - так как это фактически российская разработка, в мире этот формат совершенно неизвестен и почти не поддерживается ни одним из брендовых ридеров - Sony, Amazon, Barnes&Noble, Kobo. На "Литресе" написано, что FB2 "поддерживается всеми российскими ридерами", но это не совсем точно. FB2 поддерживается почти всеми китайскими ридерами с украинским или российским программным обеспечением. Также FB2 может поддерживаться и известными западными ридерами (например, Sony), в которые установлена специальная российская прошивка.  (Ну и недавно для последнего ридера Sony PRS-T1 вышла официальная прошивка, поддерживающая FB2.)

2. EPUB (Electronic PUBlishing) - наиболее распространенный в мире (и уже очень распространенный в России) формат электронных книг. По структуре он похож на веб-сайт, упакованный в архив, и если FB2 может распространяться как в раскрытом виде, так и в архиве ZIP (многие ридеры умеют читать FB2 в ZIP), то EPUB - это по определению книга, упакованная архиватором.
EPUB поддерживается практически любыми ридерами - как западными, так и китайскими (российско-украинскими).

Формат EPUB является наиболее распространенным из всех форматов и широко поддерживается на всех платформах. Большинство электронных книг, таких как Apple iBooks, Kobo, Adobe Digital Editions, Barnes & Noble's Nook или Aldiko на Android, среди прочих (около 300) поддерживают файлы .epub. Формат EPUB является открытым стандартом. Это означает, что он бесплатный и общедоступный, хотя существуют определенные правила его использования.

Стандарт EPUB поддерживается Международным форумом по цифровым публикациям (IDPF), глобальной организацией по торговле и стандартам. EPUB может отображать повторно обновляемый контент (который может настраивать его представление для устройства вывода), а также макет с фиксированной шириной. По внешнему виду он очень похож на страницы с изображениями в формате HTML. Поэтому это наиболее предпочтительный формат. (За редкими исключениями)

3. MOBI - специализированный формат, созданный специально для ридера Amazon Kindle и, соответственно, поддерживаемый только этим ридером. Причем Kindle никакие другие форматы электронных книг (кроме PDF и TXT, но это разговор особый) не поддерживает. MOBI - другими словами, это формат книги Mobipocket, более известный как книга Mobi, является тоже открытым стандартом для публикации электронных книг. Он также кроссплатформенный. Электронные книги в этом формате могут иметь расширение .prc или .mobi.
Форматы MOBI могут принимать сложный контент, включать в себя расширенные элементы управления навигацией, поддержку индексации и высокую степень сжатия. Например, читатели могут добавлять свои собственные страницы, рисунки от руки, аннотации, основные моменты, закладки, исправления и примечания, если устройства поддерживают это.
Он также может включать словарь. Форматы MOBI подходят для небольших экранов, поскольку ограничение размера изображения составляет 64К. Размер изображения и формат изображения (GIF) ставят формат в противоречие с более крупными устройствами отображения, такими как планшеты.
MOBI также может отображать повторно обновляемый контент и макет фиксированной ширины.

4. TXT -  обычный формат текстового документа. Поддерживается всеми ридерами, но читать книги в TXT - это для по моему мнению мазохизм. Ни разметки, ни нормальных переносов, ни выравнивания по формату, но зато есть обрывы строк и прочие прелести. В общем на любителя.

5. PDF (Adobe Portable Document Format) - один из наиболее распространенных форматов электронных документов (как правило, не книг). PDF не особенно удобно читать на ридерах, кроме того, он очень громоздкий, поэтому в PDF для ридеров, как правило, записывают только небольшие компактные книги или документы со всякими формулами, иллюстрациями и прочим. 

PDF - мой любимый формат, он один из старейших и наиболее часто используемых форматов электронных книг. Он был открыт с 2001 года. Формат PDF поддерживает макет с фиксированной шириной и обновляемый контент. Существует множество инструментов для создания, редактирования и защиты документов PDF. Например, можно легко конвертировать веб-страницы в PDF и хранить их в архиве.
PDF-файлы могут иметь цифровую подпись и надежно блокироваться от редактирования, что также способствует их использованию наряду с тем, что они доступны для просмотра и печати практически на любой платформе.
Формат PDF предпочтителен, поскольку файлы PDF сохраняют исходный макет любого документа, который содержит данные любого типа - текст, рисунки, мультимедиа, видео, 3D, карты, полноцветную графику, фотографии и даже бизнес-логику.

6. LRF - специальный формат для электронных книг от Sony. Однако уже практически вытеснен форматом EPUB, который Sony поддерживает.

7. DjVu (произносится «дежавю́») - формат для хранения плотно сжатых отсканированных документов - например, старых книг. В ридерах используется очень редко, потому что читать отсканированные книги на ридере почти невозможно из-за плохого качество отображения и маленького размера экрана.

8. RTF (Rich Text Format) - универсальный формат для хранения текстовых документов. В ридерах используется очень редко - так, для совместимости.

9. DOC - формат документов Microsoft Office. Некоторые ридеры его поддерживают, но читать документы на ридере обычно мало кому нужно. Вот как-то не для того они сделаны. Правда, в DOC по Сети до сих пор гуляют некоторые книги, но уж проще их переконвертировать в тот же EPUB.

10. AZW - это собственный формат, разработанный Amazon специально для Kindle для чтения электронных книг. Он имеет свои корни в формате MOBI, но имеет лучшее сжатие и шифрование, за исключением нескольких изменений. Формат AZW нашел свое место на многих платформах с приложениями для чтения Kindle, кроме Kindle. Но файлы AZW можно получить только в книжном интернет-магазине Amazon. Формат AZW ограничен DRM (Управление цифровыми правами) и привязан к идентификатору устройства, который автоматически регистрируется в учетной записи покупателя Kindle. Но книги без DRM также имеют расширение AZW, но на самом деле они ничем не отличаются от файлов MOBI.